Da der selbsternannte autonome Mensch weiß, dass er nicht allwissend und daher nicht in der Lage ist, ein vollständiges rationales Deutungssystem für die Welt zu liefern, stellt er schließlich eine Reihe von sich gegenseitig ausschließenden begrenzenden Konzepten12 in den Bereichen Metaphysik, Erkenntnistheorie und Ethik auf. Seine wissenschaftlichen Bemühungen setzen voraus, dass die Natur als einheitlich betrachtet wird und der kosmische Prozess zwangsläufig vorhersehbar ist (wenn genügend Daten vorliegen); daher ist er ein metaphysischer Determinist. Selbst das Verhalten des Menschen muss ein vorhersehbarer Teil der kosmischen Maschinerie sein. Wenn sein eigener Verstand der letzte Interpret der Realität sein soll, die letzte epistemische Autorität, dann muss der autonome Mensch ein Rationalist sein. Und da er nicht umhin kann, einige Verhaltensweisen als störend und falsch zu empfinden und sie nicht zu tun, ist er ein ethischer Absolutist; ohne ethische Normen wäre eine gemeinschaftliche Stabilität unmöglich.
Dieser autonome Mensch hat jedoch ein treibendes Bedürfnis nach persönlicher Würde und Freiheit, weshalb er die Welt nicht als einheitlich und vollständig determiniert betrachten kann. Es muss einen metaphysischen Indeterminismus geben, der ihm die Freiheit seines Wollens garantiert. Daraus folgt, dass die Welt keiner erschöpfenden Deutung zugänglich ist; alles ist von Geheimnissen umgeben. Der Verstand des Menschen kann also nicht absolut sein; er ist endlich und unterliegt dem Irrtum. Er wird vom Unbekannten, vom Anomalen, vom radikal Neuen, von der unvorhersehbaren Zukunft, von der Bewegung des Schicksals verschluckt. Der erkenntnistheoretische Irrationalismus muss zugelassen und begrüßt werden. Da er der “freie Mensch” ist, kann der autonome Denker nicht durch autoritativ auferlegte moralische Strikturen gebunden sein. Jeder Mensch muss spontan das “Gute” für sich selbst wählen, und diese Wahl ist von Mensch zu Mensch unterschiedlich (aufgrund des eigenen Gewissens, der Bedürfnisse, der Ausbildung, der Umgebung usw.). Der autonome Mensch hat das Vorrecht, ein anderes “Gut”, ein anderes moralisches Axiom zu wählen als die anderen; er ist ein moralischer Relativist.
Wir müssen also den inneren Widerspruch, die dialektische Spannung erkennen, die das unvermeidliche Ergebnis des autonomen Denkens ist: Determinismus/Indeterminismus, Rationalismus/Irrationalismus, Absolutismus/Relativismus. Indem er sich weigert, auf der Ebene der Kreatur “Gottes Gedanken nach ihm zu denken”, indem er sich selbst (und nicht den Schöpfer) zum ultimativen Interpreten und Schiedsrichter der Wahrheit macht, indem er sich selbst und die Welt um ihn herum nicht als von Gott geschaffen, abhängig und offenbart anerkennt, muss der autonome Mensch schließlich die Natur gegen die Freiheit, die Wissenschaft gegen die persönliche Würde ausspielen. Am Ende werden diese gegensätzlichen Forderungen, die sein autonomes Denken erhebt, seine intellektuellen Bemühungen peinlich gespalten oder verzweifelt zerbrechen lassen.”Wenn der Herr nicht das Haus baut, arbeiten sie vergeblich, die daran bauen”.13 Nur auf dem festen Felsen des autoritativen Wortes Christi kann man ein Leben und ein intellektuelles Bestreben aufbauen, das Bestand haben kann.